A cidade de São Pedro da Aldeia é originária da Aldêa de Sam Pedro do Cabo Frio, fundada pelos padres da Companhia de Jesus, em 1617, em terra de sesmaria que lhes foi concedida por Estevam Gomes, Capitão-Mor de Cabo Frio.
A cidade de Cabo Frio havia sido fundada pouco antes, em 1615, após uma ação guerreira de Constantino de Menelau, Capitão-Mor do Rio de Janeiro, contra piratas franceses que ali tencionavam alojar-se definitivamente.
Reconquistada a terra e fundada a cidade de Cabo Frio, desde logo, seu Capitão e as autoridades do Estado do Brasil, chegaram à conclusão de que o único meio de garantir a sua existência, salvaguardando-a de futuros ataques de corsários, seria defendê-la e ampará-la com duas aldeias de índios, segundo recomendação feita a El-Rei por Martim de Sá, homem de larga experiência nos problemas do Brasil.
Serafim Leite, citando em tradução, trecho da obra de Baltazar de Siqueira intitulada “TRIENNIUM LITTERARUM AB ANNO MILESIMO SEXCENTESIMO DECIMO SEPTIMO AB DECIMUM NONUM” nos informa que:
“Esta teve princípio no ano de 1617. Exercitam nela os ministérios da Companhia dos Padres, que trouxeram para ela 500 índios, da Capitania do Espirito Santo. O Capitão de Cabo Frio, Estevam Gomes, recebeu-os com todo obséquio e cortesia. E os padres, feito o desembarque, principiaram por Deus, sem o qual nenhum começo de coisa pode ser feliz. Celebrou solenemente o Santo Sacrifício da Missa, com cantos a duas vozes, pelos índios que trouxeram consigo. Depois seguiram para o lugar escolhido, levantaram a Igreja e construíram as casas”.
A aldeia, logo após a sua fundação, começou a receber índios das várias tribos da região que para ela vinham em busca de alimento ou de proteção contra os Goitacazes.
